דבר שיש לו מתירין

קיי"ל דבר שיש לו מתירין לא בטל. איך יתכן מקרה שכן בטל? (גם לראבי"ה)

מצינו בכמה מקומות דדבר שיש לו מתירין אפילו באלף לא בטיל (ביצה ג. ד. לט. יבמות פב. נדרים נח, נט, ב"מ נג.) טעמי הדין: א. רש"י בביצה (ג. ד"ה אפילו) כתב: "אחמור רבנן הואיל ויש לו מתירין לאחר זמן לא יאכלנו באיסור ע"י ביטול." וכ"כ בשו"ת הרא"ש כלל ב' ס"א (הובא בב"י בבדה"ב יו"ד סו"ס ק"ב) "דמאי נפ"מ...

בגמ' שם איתא דדבר שיש לו מתירין אפי' באלף לא בטיל, וביאר רש"י דמתוך שתאכלנו באיסור תאכלנו בהיתר. וצ"ב מדוע נקרא איסור, ועוד למה עדיף לאכלו בשעה שהוא מותר בלא רוב דהרי הא ודאי דרוב הוא היתר לכתחילה?