לחלוק על השס

בב"ב י"ד מבואר שספר יהושע נכתב על ידו, הפלא שמרן האברבנאל כותב בהקד' לנ"ך ששמואל כתבו, והוא צריך עיון, היאך יכול לחלוק על דברי הש"ס ?