רש"י במדבר פרק ז פסוק ט:
שעיר עזים אחד לחטאת – לכפר על קבר התהום, טומאת ספק.
ופירש הרא"ם, שאף שעדיין לא היה מקדש – מ"מ זה בא לכפר על מי שכבר אירעה לו טומאת התהום שיוכל להיכנס לאחמ"כ למקדש, עכ"ד.
ומשמע שיש איזה פגם בטומאה שאוסר להיכנס למקדש, ושייך שקרבן יכפר על פגם זה.
ואולי יתכן לבאר ע"פ זה...
מתוך ה'מגדלות מרקחים':
ויאמר אל אהרן קח לך עגל בן בקר לחטאת ואיל לעולה תמימים והקרב לפני ה', ואל בני ישראל תדבר לאמר קחו שעיר עזים לחטאת ועגל וכבש בני שנה תמימם לעולה (ט ב-ג)
בתורת כהנים "וכי מה ראו ישראל להביא שעיר עיזים יותר מאהרן, אלא אמר להם אתם יש בידכם בתחילה ויש בידכם בסוף, יש בידכם...