הדבר אירע ביום א' בשבת, ז' באב, תש" (11 באוגוסט 1940), יומיים לפני כן נפטר רבה של וילנה, רבי חיים עוזר גרודזנסקי, שהיה רבם של כל בני הגולה וידוע ומקובל בקהילות רבות. מכל קצווי תבל היו פונים אליו בשאלות בענייני קודש וחול, ושואלים לדעתו ולחכמתו, כי רבה היא. רבי חיים עוזר היה מה שקראו בימים ההם "א וועלט חכם", כלומר, אדם שחכמתו מספקת לכדי עולם שלם. ואכן היה דמות מרכזית ביהדות אירופה במשך שנים רבות. ולא רק גדול בתורה היה האיש, אלא בקי בהוויות העולם. עם זאת, היה צנוע ועניו ונוהג לסייע לכל אדם ובכל עניין שפנו אליו. שמו היה ידוע כרבי חיים עוזר ללא תארים ותוספות, כמקובל בדורות הראשונים של חכמי בית שני.
בשנות חייו האחרונות חלה רבי חיים עוזר במחלה קשה, אך המשיך לעסוק בענייני ציבור. היה מקבל אנשים בביתו, כותב מכתבים רבים, ועם כל ייסוריו הקשים היה מטפל בענייני הכלל והפרט. כשפרצה מלחמת העולם השנייה ווילנה נכבשה בידי הצבא האדום, שמסר אותה למדינת ליטא, באו לווילנה פליטים רבים מפולין. ביניהם היו ראשי ישיבות ורבנים ותלמידי חכמים, שהתקיימו, דוגמת כל הפליטים, על כספי ה"ג'וינט", אך עיקר משענתם היה רבי חיים עוזר. דירתו שבפינת הרחובות זאוואלנה ופוהולנקה הגדולה הפכה למרכז הפעילות הגשמית והרוחנית. עוד שנים רבות לפני כן היה רבי חיים עוזר מטפל בעזרה וסיוע לרבנים וליהודים דתיים ברוסיה הסובייטית. פעולותיו בתחום מיוחד ועדין זה טרם נתפרסמו ברבים, ואולי יתגלו הדברים בידי יהודים, שהיו מעורבים בכך ונשארו בחיים.
לאחר שהתחילה הסובייטיזציה של וילנה ביוני 1940, התעוררה חרדה גדולה בקרב ציבור הפליטים בווילנה. הם השתדלו לצאת מרוסיה הסובייטית, מתוך ידיעה, שאם לא ימהרו לעזוב את הארץ יישארו בה לצמיתות, כיוון שכידוע לא היתה כל יציאה מברית המועצות עד מלחמת העולם השנייה. היו ביניהם רבים, אשר חזרו לפולין ולבירתה ורשה, כדי לעבור איך שהוא את ימי הכיבוש הגרמני. באותם הימים היו קשרים בין הגטאות בפולין הכבושה לבין וילנה, ושליחים רבים של תנועות הנוער והמפלגות היו הולכים וחוזרים ומביאים איתם ידיעות על המתרחש. השאלה שעמדה לפני פליטים רבים נוסחה בצורה חריפה: "סטאלין או היטלר". כלומר, האם להישאר בארצו של סטאלין, או לחזור לפולין הכבושה בידי היטלר. במועדונים ובמטבחים, שהוקמו על ידי ה"ג'וינט", היו מתווכחים ומתלבטים בשאלה זו.
רבנים וראשי ישיבות פנו לרבי חיים עוזר באותה שאלה, ותשובתו היתה: יש להישאר ברוסיה ולא לחזור לארצו של היטלר. וכשאמרו לו כי בברית המועצות אין "יידישקייט", הסביר, כי במקום שיהיו יהודים תהיה גם "יידישקייט", במקום שלא יהיו יהודים לא תהיה גם "יידישקייט"...
מחלתו של רבי חיים עוזר גברה, ובקיץ של 1940 נפוצו מספר פעמים שמועות על מותו. ביום שישי ה' באב, ת"ש, נפטר רבי חיים עוזר בעיר הקייט וואלאקומפיה שעל גדות הוויליה, וגופתו הובאה לבית שברחוב זאוואלנה 17.
בחיים היהודיים בליטא השתלטו, בימיה הראשונים של הסובייטיזציה, קומוניסטים יהודים-ליטאיים. הם הוציאו את העיתון היהודי היחיד "ווילנער עמעס" במקום ה"ווילנער טאגבלאט", שהחל להופיע בתקופה הקצרה של סיפוח וילנה לליטא העצמאית. ה"ווילנער עמעס" נדפס על טהרת הכתיב היידי-סובייטי, כאשר המילים העבריות בלשון יידיש נכתבו בתחביר של יידיש וללא האותיות הסופיות של כמנפ"ץ. העיתון לא הקדיש, כמובן, אפילו שורה אחת למותו של רבי חיים עוזר, אך יהודי וילנה ביקשו כל מיני דרכים להודיע על מותו ברבים, ופנו לעורכי העיתון לפרסם מודעה בתשלום. העורכים הסכימו בתנאי ששם הנפטר ייכתב בלשון שלהם, היינו: כאים אויזער גראדזענסקי…
יהודי וילנה ויתרו על חילול שמו של רבם הגדול והסתפקו במודעות צנועות של ועד הרבנים בווילנה שלמעשה כבר לא היה קיים. ועד הרבנים הודיע על מותו של רבי חיים עוזר, ששימש ברבנות בווילנה למעלה מחמישים שנה וקרא להשתתף בלוויתו.
בשעות הבוקר המוקדמות של יום ראשון, ז' באב, החלו המונים של יהודי וילנה וליטא לנהור אל ביתו של המנוח. הם מילאו את כל הרחובות הסמוכים, שהוליכו לבית הכנסת הגדול ול"שול-הויף". כל המלווים ידעו יפה שלווייתו של רבי חיים עוזר היא הפגנה יהודית ראשונה ואחרונה במשטר הליטאי-סובייטי, שהלך והחמיר מיום ליום. כל אחד ראה, איפוא, חובה מוסרית לעצמו שלא להיעדר מתהלוכה יהודית רבתי זו, ולהביע בדרך זו את הזדהותו עם כלל ישראל. מי לא השתתף במצעד אחרון זה של קהילת וילנה?! רבנים, תלמידי ישיבות, חברי מועצת העיר והקהילה ובראשם ד"ר יעקב ויגודסקי, ראש הקהל האחרון של וילנה, כל הארגונים והמוסדות היהודיים, שעוד המשיכו, לכאורה, בקיומם העלוב, הואיל ולפי הוראות השלטונות היה עליהם להמשיך להתקיים, רופאים, עורכי דין, פועלים ובעלי מלאכה, והמונים רבים של יהודים מכל הפרברים: עסקני היווא (YIVO) וה"בונד", שכל ימיהם היו להם דין ודברים עם רבי חיים עוזר, ה"פוליקיסטים" והציונים על כל פלגותיהם.
מי לא נפקד ביום הזה ובמפגן הזה?! כל יהודי ידע והרגיש בנפשו, כי אין זו לוויתו של רבי חיים עוזר בלבד. כל אחד חש בתודעתו, כי וילנה היהודית, ירושלים ד'ליטא, מובלת אלי קבר. יהודים ימשיכו בקיומם (איש לא העלה על דעתו את "הפתרון הסופי" של הגרמנים), אך יהדות ליטא סיימה את קיומה.
הרגשת היתמות, השכול והאלמנות נתעמקה עוד יותר כאשר העלו במחשבה את עברה הרחוק והקרוב של וילנה ואת תפארתה ומקומה בהיסטוריה היהודית. די היה לסקור את ה"רכוש" של הדורות האחרונים: את בתי הכנסת והמדרשות, שמספרם היה יותר ממאה: את הישיבות ותלמודי התורה: את רשת בתי הספר העבריים והיידישאיים: את בתי הספר התיכוניים והסמינר למורים: את ספריית שטראשון והמוזיאון על שם אנ-סקי: את המכון המדעי היהודי (יידישער וויסנשאפטלעכער אינסטיטוט. יווא): את העיתונות היהודית: את בתי הדפוס המפורסמים בכל תפוצות הגולה של האחים והאלמנה ראם, רוזנקראנץ ושריפטזצר ואחרים: את הסטודנטים היהודים של האוניברסיטה על שם סטיפאן באטורי, שעמדו במלחמה קשה על זכות לימודם, את התנועה ציונית על זרמיה ומפלגת ה"בונד", שנוסדה בווילנה: ואת מאות המוסדות והארגונים, אשר קיימו חיים יהודים פעילים. בווילנה, היו אומרים לפני המלחמה, שואבים "יידישקייט" מן האוויר. לא צריך לעשות משהו לשם כך…
ביטוי להרגשות אלה נתן ד"ר יעקב ויגודסקי, מנהיגם הדגול של יהודי וילנה, בהספדו לרבי חיים עוזר, בבית הכנסת הגדול, לאחר שערכו הקפות של ארון המת, מסביב לבימה העתיקה:
"...אנו ניצבים היום מסביב לארונו של רבנו הגדול וסותמים את הגולל על החיים היהודיים המפוארים והעשירים בעירנו. מותו של רבי חיים עוזר מסמל את קץ המאבקים הפנימיים, שהתקיימו שנים רבות בתוככי וילנה בין הגאון לחסידים, בין החרדים למשכילים, בין המתבוללים לציונים, בין הציונים ל"בונד" ובין עברית ליידייש. כל המאבקים האלה היוו את מלחמתה של היהדות בינה לבין עצמה ובינה לבין הגויים ואיפשרו לה את המלחמה הממושכת על קיומה ועל נפשה. כיום מסתיימת מלחמה זו, ועל כל אחד להמשיך בקיומו ולשאוף לכך, שלא יאבד "צלם אלוהים" שלנו בימים הבאים…"
כך דיבר ד"ר ויגודסקי ולא ידע, כי באותה שעה כבר הונף הגרזן על יהודי וילנה, וכי לא הרחק מן העיר עמדו הנאצים והכינו את המאכלת לשחיטתם של יהודי וילנה. בתוך השמד וההרג הכללי של בית ישראל באירופה, בשנים הגורליות ת"ש-תש"ה (1939-1945). (יוסף פרידלנדר)