על פי המסורת, שמופיעה בכתב לראשונה ב"מגילת אביתר" מסוף המאה ה-11, מצוי קברו של יונתן בן עוזיאל בעמוקה. בשנים האחרונות קברו מהווה מוקד משיכה להמונים, ובמשך כל השנה מהווה יעד נסיעה עיקרי לנוסעים להשטתח על קברות הצדיקים בצפון, (יחד עם קבר רבי מאיר בעל הנס בטבריה וקבר רבי שמעון בר יוחאי במירון). בכ"ו בסיון (יום ההילולא שנקבע מחמת שאין ידוע תאריך פטירתו) ובעיקר בט"ו באב יום שמסוגל לזיווג, מתקיימת עליה המונית לציון בהשתתפות אלפים. ציונו התפרסם בעיקר עקב הסגולה לבקש על קברו למצוא זיווג הגון ושלום בית, כמו כן רבים נושעו במקום בתפילותיהם לזרע בר קיימא, פרנסה טובה, נחת מהילדים, ובריאות טובה.
יש השערה שמקור הדברים הוא מקריאה מוטעית של דברי רש"י:
"שאין מוצאין אשה פונין והולכין לשם והיא עמוקה" (יבמות יז ע"א, ד"ה "שהכל פונים שם")
למעשה, צמד המלים "והיא עמוקה" משתייך ל"דיבור המתחיל" הבא בדברי רש"י, ומתייחס לדברי הגמרא "והיא עמוקה משאול", אך הקריאה המוטעית קשרה דברי רש"י עם היישוב עמוקה. בנוסף קיימת טענה נפוצה שיונתן בן עוזיאל היה רווק או חשוך ילדים ולפיכך, אנשים אמרו שעלייה לקברו מהווה סגולה לאנשים עם בעיה דומה, אך במקורות חז"ל אין זכר לקביעה זו.