ידוע שמסכת זו היתה בזמן הגאונים מחולקת לשני מסכתות, ומכאן שמה 'פסחים' בלשון רבים.
החלק הראשון נקרא 'פסח ראשון' וכלל את פרקים א-ד ו-י', העוסקים בדיני חמץ ומצה, וליל הסדר.
החלק השני נקרא 'פסח שני' וכלל את פרקים ה-ט, העוסקים בדיני הקרבת פסח ראשון ושני.
ופשוט שהשם הוא כלשון מליצה, ע"ש הקרבת קרבן פסח - ראשון ושני.
והא לך לשון המאירי בהדמתו למסכת פסחים:
בית הבחירה למאירי מסכת פסחים פתיחה
מסכת פסח ראשון בע"ה:
אמר מנחם בן שלמה לבית מאיר, י"א זאת המסכתא, ר"ל מסכת פסח ראשון, היא מסדר מועד, והורגלנו בלמודה אחר מסכת סוכה, לסבה אשר הזכרנו בפתיחת החבור. וכבר ביארנו שם שזאת המסכתא עם המסכתא הבאה אחריה ר"ל פסח שני, היו מתחלה בסדור רבינו הקדוש מסכתא אחת נקראת פסחים, ובימי הגאונים חלקוה לשתים וקראו הראשונה פסח ראשון והשניה פסח שני, וגם העתיקו פרק ערבי פסחים ממקומו שהיה אחרון לכל הפרקים ושמוהו אחרון לזה החלק הראשון שאנו מבארים עכשו בע"ה ר"ל מסכת פסח ראשון. ועל זה הסדר זאת המסכתא כוללת חמשה פרקים לפי שיטתנו, א' אור לארבעה עשר, ב' כל שעה, ג' אלו עוברין, ד' מקום שנהגו, ה' ערבי פסחים. וענין המסכתא כלו אמנם הוא בא לבאר עניני הפסח בכל ענינים הצריכים בביאורו, הן בבדיקת החמץ וביעורו בזמן איסורו והפלטתו מן הכלים המובלעים ממנו וידיעת הדברים שהם צריכים לבער ושאין צריכים לבער, הן בעניני איסור מלאכה בערב הפסח וביאור עניני סדר הפסח על השלמות וכו'.
וזה לשונו בהקדמה לפרק ה' תמיד נשחט:
מסכת פסח שני בעזר הצור ובישועתו:
אמר מנחם בן שלמה לבית מאיר, י"א זאת המסכתא, ר"ל מסכת פסח שני היא מסדר מועד, וכבר ביארנו בפתיחת החבור שבסדור רבינו הקדוש ע"ה היו מסכת פסח ראשון וזאת המסכתא חוברות אשה אל אחותה נכללות במסכתא אחת נקראת פסחים, ופרק ערבי פסחים היה אחרון לכל פרקיה, ובימי הגאונים ז"ל חלקוה לשתים וקראו הראשונה פסח ראשון, והעתיקו פרק ערבי פסחים ממקומו וסדרוהו בסוף פסח ראשון, וקראו שם המסכתא הזאת פסח שני, ועל זה הצד הורגלנו בלמודה אחר מסכת פסח ראשון, על הדרך שסדרנו בפתיחת החבור. והיא כוללת חמשה פרקים, וסדרם לפי שיטתנו א' תמיד נשחט, ב' אלו דברים, ג' כיצד צולין, ד' האשה, ה' מי שהיה טמא. וענין המסכתא אמנם הוא סובב בביאור הלכות קרבן הפסח על תכלית שלמות עניניו, ועל זה הצד יחלקו עניני המסכתא לששה חלקים וכו'.