לכאורה התשובה היא שלא מדובר בשתי אפשרויות הסותרות זו את זו. בנבואת יחזקאל נאמר במפורש שצורת הבית שנראתה לו נועדה לבניין העתידי: "וישמרו את כל צורתו ואת כל חוקותיו ועשו אותם” (יחזקאל מג, יא). ורש"י מפרש שם שילמדו את המידות "שידעו לעשותם לעת קץ”. הרי שהתכלית הסופית היא לכאורה בניין הבית המתואר ביחזקאל.
אלא שהרמב"ם בהלכות בית הבחירה פרק א' הלכה ד' כתב: בנין העתיד להבנות, אף על פי שהוא כתוב ביחזקאל, אינו מפורש ומבואר. ואנשי בית שני, כשבנו בימי עזרא, בנוהו כבנין שלמה ומעין דברים המפורשים ביחזקאל.
וראה עוד מה שכתב שם הכסף משנה פרק ד' הלכה ה' ד"ה ואנשי בית שני.
ובסמ"ג עשין מצוה קסג כתב: בימי עזרא כשבנו בית המקדש בנוהו מעין בניין שלמה המפורש במלכים ומעין דברים המפורשין בבניין של יחזקאל שנתנבא על בנין העתיד לבנות רק שהגדיל מדתו יותר מבניינו של שלמה והא לך עיקרי בניינו כמו שמפורש במסכת מדות.
כלומר, גם אנשי בית שני ידעו שנבואת יחזקאל עוסקת בבניין העתידי, אלא שמכיוון שלא הצליחו להבין את כולה, בנו בעיקר כתבנית בית ראשון, והכניסו כמה מן הפרטים הברורים שביחזקאל.
התוס' יו"ט בהקדמה למסכת מידות ובמסכת יומא פרק ה' משנה ה' מסביר שמסכת זו נשנתה גם לצורך הבניין העתידי. לדבריו, רובו ועיקרו של הבית העתידי מיוסד על תבנית בתי המקדש הקודמים, ולעתיד יאיר הקב"ה את עינינו להבין גם את המקומות הסתומים שביחזקאל. משמע שאין הכוונה שמסכת מידות נדחית מפני יחזקאל, אלא שהיא הבסיס הידוע לנו, ועל גביו יצטרפו הפרטים שבנבואה.
לכן נראה לחלק, אם ייבנה הבית לאחר שיתבררו לנו דברי יחזקאל על ידי נביא או ברוח הקודש, הוא ייבנה בצורת הבית המתואר ביחזקאל, תוך שילוב היסודות הקבועים הידועים לנו ממסכת מידות. אבל אם נזכה לאפשרות לבנותו עוד קודם להתגלות המשיח, כדברי רבי אחא בירושלמי מעשר שני פ"ה ה"ב שבית המקדש עתיד להיבנות קודם למלכות בית דוד, ועדיין לא יהיה בידינו פתרון לכל הסתומות שביחזקאל, מסתבר שננהג כפי שנהגו עולי בית שני, נבנה לפי הצורה הידועה והמבוארת במסכת מידות וברמב"ם, ונוסיף מתבנית יחזקאל את הדברים שאפשר להבינם בבירור.
עם זאת, יש להעיר שהירושלמי אומר "קודם למלכות בית דוד”, ואין הכרח גמור שכוונתו לבנייה ללא נביא או ללא בירור שמימי של צורת הבית. ייתכן בהחלט שהבניין יקדם את התבססות מלכות המשיח, ובכל זאת כבר יהיו בידינו הוראה ובירור כיצד לבנותו. נמצא שאין השאלה אם כמסכת מידות או יחזקאל, אלא השאלה האמיתית היא מתי וכיצד יתבררו לנו אותם חלקים בנבואת יחזקאל שהרמב"ם הגדיר כאינם מפורשים ומבוארים.