פעמים רבות מצינו בדברי רש"י בשלל פירושיו וחיבוריו סוגריים,
יש לעיין ולברר ממי הם, האם מרש"י גופיה, או שמא מחכם אחר,
או דלמא המדפיס וכדו' ?
מהמכלול.
נוסח פירוש רש"י
בשל הפופולריות הרבה של פירוש רש"י למקרא, עוד בימי חייו נכתבו והועתקו כתבי יד רבים מאוד של פירושיו, וכתבי יד רבים הגיעו לידינו. בחינת כתבי היד מראה הבדלים רבים מאוד בין נוסחי הפירוש המיוחס לרש"י. יש קטעי פירוש המופיעים בחלק מכתבי היד ואינם מופיעים באחרים. על בעיה זו כבר עמדו פרשני רש"י המסורתיים, ומתחבטים בה גם חוקרי רש"י בני זמננו.
פרופ' מנחם כהן חקר את התוספות ברש"י וחילק אותן למספר סוגים: א. קטע המצוי במקצת כתבי היד ולא מצוי באחרים. ב. קטע המצוי במקצת כתבי היד כתוספת בגיליון ואילו בכתבי יד אחרים נמצא בגוף הנוסח ג. קטע המשולב בגוף הנוסח גם בכתבי יד, אבל במקצתם אין בו כל סימני היכר, ואילו במקצתם נותרו סימנים שהיה תוספת מלכתחילה. ד. קטע זהה אשר בכתבי יד שונים מופיע במקומות שונים בפירוש. ה. מילות קישור המקשרות שני פירושים שונים אבל ניסוחן משתנה בין כתבי היד. ו. קטע המצוי בכתב יד אחד, ואילו בכתב יד אחר מופיע קטע שונה במקומו. על פי טענתו של מנחם כהן חלק מהתוספות הן תוספות של רש"י עצמו, חלק מהתוספות הן תוספות של תלמידי רש"י (בעיקר מדברי סופרו ותלמידו רבי שמעיה ותלמידו רבי יוסף קרא) אשר כתבו הערות בצידי הפירוש והוכנסו במהלך ההעתקה לתוך הפירוש[17], לעיתים קטעים חסרים נובעים מהשמטת מעתיקים, וחלק מהתוספות הן תוספות מאוחרות, שחלקם נכנסו לפירוש אפילו בעידן הדפוס. במהדורת מקראות גדולות הכתר ניתן לראות את התוספות ואת ההבחנה בין תוספות רש"י עצמו, תוספות רבי שמעיה, ותוספות אחרות.[18]
בשונה מפרופ' כהן, המבסס את מחקר התוספות שלו על השוואה של עשרות כתבי יד, פרופ' אברהם גרוסמן רואה בכתב-יד לייפציג 1 מקור חשוב לבירור הנוסח המקורי של הפירוש. פרופ' גרוסמן רואה בו חשיבות רבה עד שלטענתו ניתן לשחזר דרכו את הפירוש המקורי כמעט בשלמות, לטענתו כתב היד הוא כלי שני לאוטוגרף של רבי שמעיה תלמידו של רש"י שגרוסמן ראה בו סמכות עליונה להעברת תורתו של רש"י.[19] גרוסמן הראה במאמריו על מקומות רבים בהם יש תיעוד בכתב היד להוספות של רש"י על פירושו המקורי וכן למחיקות ותיקונים בפירוש שעל פי עדות כתב היד נעשו על ידי רש"י עצמו.[20]
לדוגמא מפות רש"י למקרא מסתמכים על כמה כת"י.