חידוש היישוב היהודי בטבריה
בשנת 1738 נודע לדאהר אל עומר, שליט הגליל, כי הרב אבולעפיה רוצה לעלות ארצה מאיזמיר. דאהר כתב לו כי הוא מזמין אותו לחדש את היישוב היהודי בטבריה, שהיה הרוס מזה 70 שנה, ובכך לחדש את היישוב היהודי בגליל[2]. שאיפתו של הרב חיים אבולעפיה לבוא לטבריה נבעה מכך שסבו, הרב חיים אבואלעפייא הזקן, היה המרא דאתרא (רב העיר) של טבריה טרם נחרבה.
בשנת 1740, כשהגיע הרב אבולעפיה מאיזמיר בראש משלחת של עשרות אנשים, קיבל אותו דהאר אל עומר בכבוד, "הלבישו לבוש יקר הערך כלבוש מלכות. וכל אשר שאל ממנו הרב לא חסר דבר". בעיר נבנה בית כנסת "נאה ומפואר מאין כמוהו בכל ארץ ישראל", על חורבות בית הכנסת העתיק שבו התפלל האר"י. בית הכנסת נקרא בשם "עץ החיים", וכן כונה בשם "בי כנישתא רבא דטבריא". יש מסורת בלתי מבוססת שבאותו מקום היה מושבה האחרון של מוסד הסנהדרין. ר' חיים אבולעפיה ותלמידיו חידשו אף את בית הכנסת העתיק בשפרעם.
בשנת 1741 הקים מערכת איסוף כספים עבור טבריה בקהילות בארצות הולנד ואיטליה.
הרב בנה בטבריה גם בית מרחץ, חנויות ליום השוק ובית בד לשמן שומשמין. כדברי חתנו, רבי יעקב בירב: "כל אנשי טבריה דשנים ורעננים שמחים אלי גיל כי הארץ שקטה מפחד רעה ואין מחריד". רבי חיים אבולעפיה התמסר להתפתחות העיר ודאג למקורות פרנסה ליושבי העיר.
חידוש היישוב העברי בטבריה עשה רושם רב בגולה, ורבים ראו בכך סימן לגאולה הקרובה. גם רבי חיים אבולעפיה האמין שחידוש היישוב היהודי בגליל הוא פתח לימות המשיח, וגאולת העם היהודי כולו. לפיכך בתקופתו התגברה העלייה לארץ. ב-27 במרץ 1742 ביקר גם ר' חיים בן עטר את ר' חיים אבולעפיה בטבריה.
כפי הנראה, שלטונו של דאהר אל עומר לא מצא חן בעיני השלטון המרכזי בטורקיה, והסולטאן הורה למשנה למלך, הפאשה היושב בדמשק, סולימאן פאשה, להרוג את דאהר ולהחריב את ממלכתו. הדבר נודע לרבי חיים אבולעפיה באוגוסט 1742, והוא פנה לדאהר. בהנהגתו של רבי חיים אבולעפיה, תמכו יהודי הגליל בדאהר אל עומר. ב-1 בדצמבר 1742 ניצח דאהר את הפאשה, ויום זה הפך ליום חג עבור יהודי טבריה.
בין תלמידיו של רבי חיים אבולעפיה בטבריה, נמנה גם ר' חיים מודעי, שנחשב לאחד מגדולי המשיבים בדורו.
ב-27 בפברואר 1744, הזעיק רבי חיים אבולעפיה את בנו הבכור, רבי יצחק, שהתגורר בסוריה, והטיל עליו להמשיך את ההנהגה אחריו. ב-19 במרץ באותה שנה נפטר ר' חיים אבולעפיה, ונטמן בבית העלמין הישן בדרומה של העיר טבריה.
אחרי מותו הנהיגו בניו, רבי יצחק אבולעפיה ורבי יששכר אבולעפיה, את היישוב היהודי בטבריה.
