1. התלמוד הבבלי נוצר בין המאה השלישית והמאה החמישית לספירה בבבל, בערים סורא ופומפדיתא. התלמוד הירושלמי נכתב בעיקר בעיר טבריה, ועריכתו הסתיימה לקראת סוף המאה הרביעית.
2. שני התלמודים כתובים בארמית, כל אחת בניב מקומי שונה. התלמוד הירושלמי כתוב בארמית גלילית – ניב מערבי, והתלמוד הבבלי בארמית בבלית – ניב מזרחי.
3. מכיוון שדרכי הלימוד בבבל ובארץ ישראל היו שונות, גם הצגת הסוגיה שונה בשני התלמודים. בתלמוד הירושלמי הסוגיה קצרה והדיון בה תמציתי, בעוד בתלמוד הבבלי רווח פלפול וניתוח השאלה מכל כיוון אפשרי, מה שממילא מאריך את הדיון ואת הסוגיה.
4. על אף שיש שישה סדרי משנה, תלמוד בבלי יש רק על ארבעה סדרים: מועד, נשים, נזיקין וקדשים, וכן על מסכת ברכות מסדר זרעים ועל מסכת
נידה בסדר טהרות. תלמוד ירושלמי יש גם רק על ארבעה סדרים: זרעים, מועד, נשים, נזיקין, וכמה פרקים ממסכת נידה. לא ידוע מה הסיבה לכך – האם מסיבות שונות לא עסקו חכמי בבל וארץ ישראל במסכתות אחרות שלא נכללו בתלמוד או שגמרות אלה אבדו לנו.
5. גם כשמדובר במסכתות הנידונות בשני התלמודים, סדר הגודל לעיתים קרובות שונה מאד: מסכתות בבא קמא, בבא מציעא ובבא בתרא כוללות יחדיו כ-420 דפים בתלמוד הבבלי – ורק 88 דפים בתלמוד הירושלמי.
6. הטקסט בתלמוד הירושלמי ערוך הרבה פחות מאשר התלמוד הבבלי ואינו כה מלוטש ומאורגן. הסיבה לכך היא ההבדל בין התנאים ששררו בבבל ובארץ ישראל. בארץ ישראל סבלו היהודים מרדיפות ומצב כלכלי גרוע, ובשלב מסויים רוב יהודי הגליל היגרו מהארץ. זו הסיבה שבעריכת התלמוד הירושלמי הושקעו פחות שנים של עבודה.
7. מלבד העובדה שהתלמוד הבבלי הוא הטקסט הנגיש יותר, תרמה לתפוצתו הרבה ברחבי הגולה היהודית העובדה שנלמד והופץ על ידי ישיבות הגאונים בבבל שהיו בקשר עם כל קהילות ישראל. לעומת זאת, התלמוד הירושלמי נותר בעיקר בתחומי ארץ ישראל.
8. עצם העובדה שיש לנו כתב יד שלם של התלמוד הירושלמי היא סוג של נס: מכיוון שמעטים למדו אותו, נעשו רק מעט העתקים שלו. נראה שעצם העובדה שהוא שרד את הידלדלות היישוב היהודי בארץ היא בזכות עותק שלו שנגנז בארץ והגיע מאוחר יותר לבבל. מאוחר יותר, במאה ה-13, יהודי איטלקי חובב ספרים דאג להעתקת התלמוד הירושלמי בשלמותו. עותק זה, המכונה 'כתב יד ליידן', הציל את התלמוד הירושלמי מאובדן.
9. בתלמוד הבבלי מוזכרים מעשים רבים ואמירות רבות של אמוראי ארץ ישראל, ובתלמוד הירושלמי יש קושיות ותירוצים של חכמי בבל (עד הדור של אביי ורבא, כי התלמוד הירושלמי נחתם לפניהם) מכאן לומדים שהיו תלמידי חכמים נוסעים מבבל לארץ ישראל ומארץ ישראל לבבל ומביאים עימם את דברי התורה שלמדו מרבותיהם.
10. מכיוון שהתלמוד הבבלי נלמד הרבה יותר מאשר התלמוד הירושלמי, יש לו גם הרבה יותר מפרשים. כך למשל פירוש
רש"י ותוספות, שהם מפרשי היסוד של התלמוד הבבלי, לא קיימים עבור התלמוד הירושלמי.
