מסופר על המלבי"ם שבכל ליל שבת היה נוהג למסור שיעור בפרשת השבוע, והציבור כולו היה מגיע בהמוניו לשמוע את חידושיו וביאוריו הנפלאים. היו גם כאלו בעלי בתים, שהיו קרובים יותר לכת המשכילים, ובכל זאת באו לשיעור כדי ליהנות מחידושיו. ואע"פ שהמלבי"ם היה מראשי הלוחמים במשכילים, בכל זאת נמשכו ובאו לשיעור.
באחת מהשבתות כשהגיעו לפרשת תצווה, המלבי"ם מסר את השיעור כדרכו, ובסוף השיעור כשהגיע לפסוק "קדש קדשים הוא לה'", הביא את פירושו של רש"י, שמפרש שהכוונה על המזבח, ואמר שאפשר גם לפרש בדרך אחרת, שהכוונה על אהרן הכהן שהוא קודש קודשים ובזכותו יש את הכפרה למזבח, וכמו שכתב בספרו על התורה באריכות.
כאשר המשכילים שמעו מהפירוש הזה, התחילו להתלוצץ מהרב איך הוא העז לפרש פשט אחר מדברי רש"י, ובכלל עצם הפשט הזה הוא לא מובן כלל, איך יתכן שהתורה כותבת על אדם בשר ודם שהוא "קדש קדשים"? הרי קדש קדשים שייך על הקב"ה בכבודו ובעצמו, ואיך יתכן לומר כן על אדם בשם ודם? המשכילים שמצאו כאן פתח ללעוג על גדולי ישראל, הקהילו קהילות של ליצנים שעמדו והתלוצצו על המלבי"ם, שפירש פשט כזה שנראה מוזר בעיניהם.
כאשר המשכילים המשיכו להתלוצץ על דבריו, ניגש אל המלבי"ם אחד ממקורביו, וסיפר לו על ליצנותם של המשכילים, ושאל את המלבי"ם האם באמת לא טעה בפירושו הזה, שפירש אחרת מדברי רש"י?
המלבי"ם לא התרגש מדבריו, דחה בביטול את דברי המשכילים, ואמר: "מה אכפת לי מליצנות של המשכילים?". שאל אותו המקורב: "אבל יש כאן טענה שהם טוענים, שפירשת פשט שאינו נכון, וצריך לדעת האם באמת זה פשט נכון או לא?". ענה לו המלבי"ם: "אם כך שיש שמפקפקים בפשט הזה שאינו אמת, אחזור עליו בשבוע הבא בתחילת השיעור".
בשבת הבאה היה הבית הכנסת מלא מפה לפה, וכולם ציפו לראות איך המלבי"ם יצליח לתקן את הטעות שאמר בשבוע שעבר. המלבי"ם התחיל את השיעור ואמר, שלפני שיתחיל פרשת 'כי תשא', הוא רוצה לחזור על הפסוק האחרון שבפרשת 'תצווה', וחזר על הפסוק "קדש קדשים הוא לה'" עם פירושו של רש"י, והוסיף את פירושו שאפשר לפרש בדרך אחרת שזה הולך על אהרן הכהן שהיה קדש קדשים (ובא לומר בזה, שעל אף כל הליצנות של המשכילים, הפירוש הוא אמת).
הציבור התפלא, מדוע לא תיקן את טעותו, ולמחרת הסביר המלבי"ם שבאמת אין כאן טעות כלל, שפירושו הוא פסוק מפורש בדברי הימים (א' פרק כ"ג), שנאמר: "בני עמרם אהרן ומשה, ויבדל אהרן להקדיש קדש קדשים", ממילא אין כאן טעות, והדברים אמת לאמיתה של תורה. ואמר שהסיבה שלא הביא את הפסוק בשיעור להכות את שיניהם של המשכילים, הוא משום "אל תען כסיל כאוולתו", אלא רק חזר על הפירוש שוב, לומר שלא טעה בדבריו.
כאשר מקורבו של המלבי"ם עלה לארץ, נכנס אל המהרי"ל דיסקין וסיפר לו את כל הסיפור, אמר לו מיד המהרי"ל דיסקין: "וכי עלה על דעתך שהמלבי"ם יטעה ח"ו?"