זמן הספירה
ספירה בלילה
בלילה ראשון של ספירת העומר, לכתחילה יספור כל שסמוך יותר לתחילת הלילה מפני שכך יש קיום יותר בדין 'תמימות' (מ"ב סי' תפ"ט סק"ב), ולפי הדעות הסוברות שכל יום מצוה בפני עצמו ודין תמימות קאי על כל לילה שיהיו בשלימות, העדיפות לספור בתחילת הלילה הוא בכל לילה של הספירה, (חיי אדם כלל קל"א ס"ב, ביאה"ל ס"ח ד"ה סופר). ומ"מ כל שסופר עד עלות השחר יכול לברך עליו (שו"ע הרב ס"ג), ויש לו עכ"פ קצת קיום ב'תמימות' (מ"ב סק"ד).
אע"פ שיש להקדים לספור בתחילה הלילה, מ"מ יספור רק לאחר תפילת ערבית (שו"ע ס"א) מפני שתדיר קודם (חק יעקב ס"ק ט"ז), ומטעם הנ"ל יש גם להקדים ספירה לאמירת 'עלינו' כדי להקדימו כמה שיותר לתחילת הלילה (מ"ב שם), ומ"מ יש נוהגים לספור רק אחר עלינו (מעשה רב סוף הל' תפלה אות ס"ט, מנהג כמה חסידיות ועוד) כדי שלא להפסיק בסדר התפילה (כף החיים ס"ק ק"ב).
מנין קבוע למעריב. מי שיש לו מנין קבוע למעריב מאוחר בלילה ולא בתחילת הלילה, עדיף להתפלל ערבית בזמן הקבוע המאוחר ולספור ספירת העומר לאחר מעריב, מלספור בתחילת הלילה ביחידות קודם ערבית, וכן באופן כזה מותר לו לאכול קודם ערבית מאחר שיש לו מנין קבוע (אג"מ או"ח ח"ד סי' צ"ט).
בין השמשות קודם הלילה
לכתחילה יש לספור רק מתחילת הלילה שהוא מצאת הכוכבים ולא לפני כן (שו"ע סי' תפ"ט ס"ב), מ"מ ילדים שהגיעו לחינוך וקשה להם לחכות לספור רק לאחר צאת הכוכבים, ובפרט באירופה שזמן צאת הכוכבים בימי הספירה מאוחר, יכולים לספור בברכה בבין השמשות שהוא לאחר שקיעת החמה (כ"ק מרן גאב"ד ירושלים), וכן הדין באנשים הנמצאים בבתי אבות שהולכים לישון מוקדם (מו"ר בעל שבט הקהתי, אורח כהלכה סי' י"ד אות ב').
לפני זמן ר"ת
מי שרגיל להחמיר במוצאי שבת ויו"ט לא לעשות איסורי מלאכה דאורייתא לפני זמן ר"ת ולא בשאר דברים, אפ"ה עדיף לספור ספירת העומר בציבור ולפני זמן ר"ת, מלספור ביחידות אחר זמן ר"ת, מאחר שלרוב פוסקים ספירת העומר בזמן הזה הוא רק מדרבנן (שו"ת מנחת יצחק ח"ט סי' נ"ו).
ספירה ביום
אם שכח לספור בלילה, יכול לספור ביום, אבל בלא ברכה (שו"ע ס"ז), מ"מ מכאן ואילך יכול להמשיך לספור כל לילה בברכה (תרומת הדשן סי' ל"ז, מ"ב סקל"ד). ולכן מנהג טוב להרגיל עצמו לספור כל יום גם ביום אפילו כשכבר ספר בלילה, כגון לאחר תפילת שחרית, כדי שאם שכח לספור בלילה, יכול להמשיך לספור בברכה בשאר הימים כיון שספר ביום (כף החיים סק"פ). (גליון חוקי חיים)