שקיעת הישיבה
לאחר שהנצי"ב ביקש למנות את בנו הרב חיים (שהיה הרב של מוסקבה) לראשות הישיבה במקומו, קבוצת יהודים חברי תנועת
ההשכלה ניסו לגרום לסגירת הישיבה, ולשם כך הלשינו לשלטונות שבישיבה אין לימודי חול. שר ההשכלה שבדק את המצב, החל לתבוע שהישיבה תעמוד בעיקר בדרישה של לימוד של השפה הרוסית, אך לאחר שתביעה זו לא התממשה על פי רצונו, הוא הפעיל לחץ בלתי פוסק על הנצי"ב. דבר שהביא לסגירתה של הישיבה, בה' ב
שבט תרנ"ב.
הטענה הרווחת היא שהנצי"ב החליט לסגור את הישיבה, כדי שלא ילמדו בה רוסית. גרסה זו אף נהפכה למיתוס בעולם הישיבות החרדי על חשיבות ההתנגדות ללימודי חול בישיבות. אמנם, לפי מקורות מסוימים, הוא הסכים ללימוד של השפה הרוסית מחוץ לכתלי הישיבה, כפי שנעשה על פי עדויות שונות, וכפי שהוא כותב בספרו שו"ת משיב דבר (א, סי' מ"ד): "אם יצטרכו על פי המלכות ללמוד למודי חול גם כן, יהא בהשגחה מהרב וראשי ישראל, שיהא המורה ירא אלוהים", אך נתקל בהתנגדות עזה של ראשי הישיבה האחרים או שלימוד הרוסית שנעשה באופן רשלני, לא סיפק את שר ההשכלה הרוסי, שהכביד בתגובה את דרישותיו ודרש בנוסף:
- להקדיש יותר ממחצית הלימוד ללימודי חול, משעה 9 ועד שעה 3,
- שלא יתקיימו לימודים בערב,
- שלא ילמדו יותר מעשר שעות ביום,
- שכל אנשי צוות הישיבה יהיו בעלי דיפלומות רשמיות,
( ע"פ מקור ברוך עמ' תתר"ג), תביעות אלו סתמו את הגולל על הישיבה. 3 שנים לאחר סגירת הישיבה, בשנת תרנ"ה, היא נפתחה שוב. אך לא הייתה זו ישיבה ברמה ובמעמד של "ישיבת וולוז'ין" המקורית. במהדורתה החדשה נוהלה הישיבה על ידי חתנו של הנצי"ב הרב רפאל שפירא אשר נפטר בעיצומה של מלחמת העולם הראשונה. את מקומו מילא בנו הרב יעקב שפירא. יד הכורת בשואה שמה קץ מוחלט לישיבת וולוז'ין.