הסיבה שהביאה את רבינו זצ"ל לעזוב את מקום רבנותו בוואהלין, ולצאת מארצו וממולדתו לדרך של גלות וטלטולים בלתי צפויים, קשורה גם היא בגודל חרדתו למסורת ההוראה הצרופה, ומעשה שהיה כך היה:
בשנים הראשונות אחרי המהפכה הסובייטית, המשיך רבינו לנהל את עדתו, מבלי שהשלטונות יפריעו לו במעשיו. אך הנה אירע מעשה שגרם לו להחליט כי עליו לעזוב את המקום. שני אנשים באו אליו לדין תורה, האחד שמש בית-הכנסת, השני קצב בעיר. שמע הרב את טענותיהם, ואחרי שיקול הדעת פסק לטובת השמש.
כעבור ימים אחדים נכנס אצלו בן הקצב, שסר מן הדרך והשתייך לקומוניסטים, כשרובה בידו, ותבע ממנו לשנות את הפסק. היתה זו פעם ראשונה, שמישהו העיז פנים ברבינו, מאז הגיע לעיר לפני יותר מעשרים שנה. הוא לא נרתע מאיומיו של בן הקצב, לא חזר בו, אבל כפי שסיפר אחר-כך, המקרה הזה שימש לו אות כי נשתנו הזמנים, ושוב לא יכירנו מקומו בארץ שהקומוניזם הכופרני משתרר עליה.
וכך סבר רבינו וקיבל, כי הרב - אסור לו להיות תלוי בשום גורם שהוא, ועליו להשתדל להישאר עצמאי לחלוטין, כך שלא יוכלו הממונים עליו לכפות על הרב את דיעותיהם.
היה זה בתחילת שנות התר"פ, כשרבינו כבר נמלט ממלתעות הקומוניזם ברוסיה, ושהה בדרכו בעיר קישנוב, שם היה לראש הישיבה הגדולה בעיר. ראשי מרכז "אגודת ישראל" בוינה, הרב ד"ר פנחס כהן ורבי וולף פפנהיים, שיגרו מכתב אל מרן הגרי"ח זוננפלד זצ"ל לירושלים, בבקשה לעשות כל מאמץ אפשרי על-מנת שהרב מטעפליק יקבל את הרשיון המבוקש, מהמיכסה של הבריטים לאגודת ישראל.
במכתב זה מציינים העסקנים נקודה אחת, המאירה באור יקרות את דרכו המיוחדת של רבינו, בבחינת "החכם עיניו בראשו", כאשר גם בשעת דחקו נזהר מלהשתעבד תחת עול רבנות שיש לו חשש שלא תהיה לרוחו. הם כותבים, כי הרב נאלץ היה לעזוב את רוסיה "מטעמים כמוסים", וכי גם כ"ק אדמו"ר הריי"צ מליובאוויטש זצוק"ל, פנה אליהם להשתדל בעדו. בתוספת הטעמה, כי בעצם יכול הוא להשיג רשיון בעזרת "הרבנות הראשית", אך אין רצונו בזה, בכדי שיוכל אחר-כך כשיבוא ארצה לשמור על עצמאותו!
לימים רבים, כשכבר ישב רבינו בירושלים, והיתה דחוקה לו שעתו עד מאד. ומצד שני, עומדים ראשי "הועד הלאומי", ומציעים לו 'הרים וגבעות' באם יצטרף לעמוד בראש מוסדותיהם. נזכר רבינו ב'צוואה' שכתב לו סבו, צוואה שהכילה רק שלש מילים, אשר עד היום עשרות שנים מיום פטירת סבו, לא הצליח לפענח את פשר הצוואה. זה
הרהר רבינו בדעתו, שאולי יש בצוואה זו רמז על המבוך בו הוא מצוי כעת, והראה אותו לפני מרן הגרי"ח זוננפלד זצוק"ל, שמיום בואו לירושלים דאג במסירות לצרכיו והוא אשר הושיבו ברבנות שכונת "בית ישראל". הצוואה הכילה את המילים: "ות"ל עי' ברע"ב".
ולמרבה הפלא, מרן הגרי"ח זצוק"ל - חכימא דיהודאי, עמד מיד על פשר הדברים, שהם ראשי תיבות ו'אל ת'תודע ל'רשות, לפי ביאורו של רבינו עובדיה ברטנורא "כדי ליטול רבנות על ידה".
ראה רבינו בכך אות מן השמים, ולמרות רוב דוחקו לא פנה אל רהבים ושטי כזב, ונשאר עצמאי ונאמן למסורת ההוראה הטהורה, ללא כחל וללא שרק וללא פירכוס.
וכך כל שנות מגוריו בירושלים, למרות שהשכיל לרקום יחסי ידידות וקירבה מצויינים עם כל חוג ושבט, נשאר נאמן לעצמו והזדהה בגילוי-לב עם עדת היראים שהסתייגו ופרשו מן הועד הלאומי. הרבה פעמים ביקשו להושיב אותו בראש, אך הוא נשאר נאמן לעצמו: שייף ועייל, שייף ונפיק. מסתפק בקב חרובין, חי בעוני ובדחקות, ודירתו במשכנות-דלים במרתף שמתחת לבית הכנסת בשכונת "בית ישראל".
