-דרך לימוד מיוחדת היתה לו לרבינו, דרך מקורית אשר היא נחלת יחידים בלבד, היא אינה בנויה על הסברא אשר ביד כל אחד ואחד לבנות ולסתור. כגאון עולם הבקי בכל מכמני התורה, לא אהב רבינו את דרך הלימוד המיוסדת על סברות הגיוניות והגדרות, בפרט של אלו העמלים לתרץ את דברי הרמב"ם בסברות ובדרך ההגיון, שראה בהן רק אחיזת עינים. "בוא וראה - אמר פעם בדרך צחות לאחד מתלמידיו - לא די להם, לטוחני סברות אלו, ההסברה במלים. הם משתמשים גם לסיוע בתנועת ידיהם..."
ובעוד שאחרים טרחו לתרץ את הרמב"ם בסברות, ניתוחים וגדרים, נתן רבינו את מקורו הטהור של הרמב"ם על ידי בקיאותו המפליאה.
נציג בזאת שביב אחד מתורתו, המאיר מעט על דרך לימודו המופלאה, מתוך ספרו שו"ת "דברי אהרן" (סימן לד אות א):
הרמב"ם בהלכות יסודי התורה (פרקי, הלכה ד) כותב: "דברי הפורענות שהנביא אומר, כגון שיאמר פלוני ימות או שנה פלונית רעב ומלחמה, אם לא עמדו דבריו אין בזה הכחשה לנבואתו, ואין אומרים הנה דיבר ולא בא, שהקדוש-ברוך-הוא ארך אפים ואפשר שיעשו תשובה ונסלח להם כאנשי ננוה. אבל אם הבטיח להם על הטובה ולא בא, בידוע שהוא נביא שקר, שעל טובה אינו חוזר".
מקשה בעל "עקידת יצחק" (פרק צו), הלוא כתוב בירמיהו (יח, ז-י): "רגע אדבר על גוי ועל ממלכה לנתוש... ורגע אדבר על גוי ועל ממלכה לבנות ולנטוע... ונחמתי על הטובה", הרי שגם בנבואה לטובה אפשר שינחם ה' ויחזור. אולם הרמב"ם בעצמו, בפירושו למשנה, הבדיל בין אמירה לנביא בתורת תפקיד ושליחות ובין דבר ה' לנביאיו שלא בתורת הטלת שליחות עליהם. בתורת שליחות אין אפשרות חזרה.
רבינו לא מסתפק בחילוק הגיוני בלבד, והוא מוצא לרמב"ם מקורות וסמוכים. "דברי הרמב"ם - הוא כותב מיוסדים על אדני פז ומקורו טהור" מירושלמי סנהדרין (פרק אלו הנחנקין): "אמר לו: תן סימן לדבריך, אמר לו: אני מתנבא לרעה ואיני יכול ליתן סימן לדברי, שהקב"ה אומר להביא רעה ומתנחם, ואתה מתנבא לטובה אתה צריך ליתן סימן לדבריך".
אולם, מיד מוסיף רבינו ש"שיטת הבבלי אינה כן". שבסנהדרין (פט, ב) איתא: "הכובש נבואתו גדול עונשו, ושמא חזרו, אלא אם חזרו היו צריכים להודיעו, והלא אצל יונה חזרו מהפיכת ננוה ולא הודיעו לו? אלא יונה מקודם אמרו לו שהיא נהפכת, והוא לא ידע לטובה או לרעה". למדים מזה, שאף מחזרה לטובה מרעה, חשובה ההחזרה הכחשה לנבואת הנביא, אם לא נאמר שבנבואת יונה לא היתה חזרה כלל, רק אי-הבנה, כי הוא חשב שהוא לרעה, ובאמת כוונת השם היתה שיעזבו מעשיהם הרעים למעשים טובים. נמצא שלפי שיטת הבבלי אין הבדל בשליחות הנביא לטובה או לרעה, ובכל אופן אפשרית ההחזרה.
הרי בזה מדברי הבבלי, שהנביא נצרך להודעה מוקדמת על הדבר שחלה בו חזרה מפני שינוי המעשים לטוב, אבל אם לא הודיעו על החזרה, ושליחותו הראשונה לא נתאמתה, הרי הוא בכלל נביא השקר, אפילו אם החזרה היתה מרעה לטובה, כמו אצל ננוה, ושוב "תמוה מאוד", למה לא שאלו המפרשים על הרמב"ם משיטת הבבלי?
ומיד מוכיח את דבריו מהגמרא ברכות (ד, א) נאמר: 'עד יעבור עמך ה' עד יעבור עם זו קנית' - "ראוים היו לישראל ליעשות להם נס בימי עזרא כדרך שנעשה להם בימי יהושע, אלא שגרם החטא". הקשה ה"נודע ביהודה" (בספרו "צל"ח") ממאמר זה על הרמב"ם, הסובר שאין אפשרות בחטא לבטל הבטחת טובה? והוא מחלק בין הבטחת השם לנביא על עצמו ובין ההבטחה של הנביא לאחרים, שאצל ההבטחה לעצמו, כגון אצל יעקב שהשם הבטיחו 'והנה אנוכי עמך', וירא שמא יגרום החטא, אבל נביא המתנבא על אחרים לטובה, אין החטא גורם לבטל דבריו.
והנודע ביהודה מוסיף להקשות, הלא מדברי הגמרא בברכות באה ההבטחה למשה לעשות נס בימי עזרא ולמרות ההבטחה גרם החטא? והרב מתרץ על יסוד ברייתא אחרת, ומתרץ יפה דברי הצל"ח, במסכת סוטה (ל, ב): "אמר רבי נחמיה שישראל אמרו את השירה כסופר הפורס" (ששרתה הנבואה על כולם - רש"י), ולכן אפשר לפרש הברייתא בברכות כדברי ר' נחמיה, ולא היתה כאן כלל שליחות לנביא, כולם ראו מראות נבואה ואין כאן הכזבת הנביא.
