הגדירו נא רבותי, בכמה משפטים, עמודים, קונטרסים את שיטתו של
מאור ראשי הישיבות, ושיטת תלמידיו - שיש שדבקו בתורתו (ר' ברוך בער) ויש שנטו מעט (ר' שמעון שקאפ). בהצלחה משני פנים...
תלמיד הגר"ח רבי מנחם צבי אייזנשטט תיאר את צורת שיעורו של הגר"ח בישיבה, "כל קושיא עצומה, כל מקום סתום כל סוגיא חמורה, היה מתרץ מפשט ומיישר בכוח הסברא העמוקה והמקורית, שאין דוגמתה, באיזמל חד ושנון של ההיגיון הבריא והרענן, היה מנתח לחלקים דקים שבדקים, את המושגים שהיו דומים לכאורה זה לזה, והיה מראה ומוכיח בעליל את החילוק והניגוד הרב שביניהם".
"היה הולך ומברר את ההבדל שבין שני מאמרים שבתלמוד או ברמב"ם, אשר לפי ההשקפה הראשונה הם נראים כתואמים ומחוברים יחדיו, בעוד אשר באמת היו רחוקים זה מזה כרחוק מערב ממזרח, ויש להיפך, שהיה מרכיב ומחבר שני מאמרים שהיו סותרים זה את זה, בהרכבה גמורה, עד שהיו למאמר אחד, מוצק וחזק". [הובא בספר רבן של כל בני הגולה עמ' 309].
ההדגשה שבדברים היא שהגר"ח למד את הסוגיא עצמה וטחנה היטב דק דק באיזמל חד ושנון, וניתח לא את ההבנה והמושכל של הלומד, אלא את הדינים והמושגים היוצאים מהתלמוד ומהרמב"ם.
כיוצ"ב סיפר הגרי"ז, "פעם עלתה שאלה על שולחנו של אבא, והוא ביקש ממני להגיד עליה ישוב, לכשהצעתי בפניו את שעלה בידי, גער בי, הדבר היה תמוה בעיני, שכן בטרם אמרתי את דברי שקלתי אותם היטב, הרי ידעתי כי אין לבוא לפניו בגיבובי דברים או בבויך סברות [סברות כרס], והנה אע"פ כן הוא גער בי, אלא שכמובן לא העזתי לשאול אותו לפשר הדבר. כאשר ליוויתי אותו בנסיעתו לוורשה, כעבור מספר חדשים, אמר לי פתאום, אתה חושב שגערתי בך אז מפני שדבריך לא היו ראויים להאמר, לא כי, אלא שאין זו הדרך האמת לאמיתה, ולא זהו הצד שיש להתחיל בו, אתה התחלת מצד אחר,
וזה אסור, שכן אין לו לאדם לחפש דרכים וצידי צדדים
מתוך עצמו, אלא עליו למצא את הדרך
מתוך חז"ל, לברר את ההלכה מתוך דבריהם, להבין את
הנימוק, את הפשט ואת הביאור ותו לא מידי". [מתוך מאמרו של רבי דוד זריצקי 'הגאון מבריסק'].
רבי אהרן קוטלר אמר, "יש ואנו מעיינים בספרו של הגר"ח ומוצאים דברים שאינם מובנים להשגתנו, ונראים כזרים וקשים לקבלם, אך כאן עלינו לדעת כי דרכו בלימודו הייתה שלא לבדוק בשכל האנושי שלנו, האם הדברים שהעלה אכן מתקבלים או לא, עיקר עיונו היה בסוגיית הגמרא גופא, להוכיח ממנה ומתוכה מהי האמת העולה מאליה והמוכרחת מתוך מהלך הסוגיא, ואם העלה עיונו העמוק כי הדברים שאומר הם מוכרחים, ודעתו הרחבה הכריעה כי היסוד כתוב ומבואר בגמרא, א"כ זאת היא ההלכה וכזאת היא האמת, ומעתה שוב אין מקום לבוא ולבדוק את הדברים, האם הם מתקבלים בשכל האנושי שלנו או לאו". [דעת יואל [קלופט] מאמר ג].
רבי יחיאל מיכל פיינשטיין אמר, "כאשר למד הגר"ח תורה, הוא למד גופי תורה, הוא לא הלביש את התורה ברעיונות ובסברות משלו, בלבושים דרושים, אלא הגה ועמל במהות דברי התורה בעצמן וגופן, במגמה להבין מה התורה עצמה מלמדת אותנו, ולא תוספות משלו להלביש את התורה". [הספד על הגרי"ד בן הגרי"ז, בהיכל ישיבת עץ חיים בירושלים, אור לי"א אדר תשמ"א, הובא בספר רבן של כל בני הגולה עמ' 495].
הרי לנו צורת לימודו של הגר"ח; מתוך דברי חז"ל עצמם יש ללמוד ולהשכיל ההלכה – הנימוק הפשט והביאור, אף הנימוק תורה הוא, וההגעה אליו היא אך ורק מתוך התורה עצמה ולא מתוך שכל האדם.